Nacido en Madrid en 1954. Es director del Centro de Evolución y Comportamientos Humanos (UCM-ISCIII), catedrático de Paleontología en la Universidad Complutense de Madrid y codirector del Equipo de Investigaciones de los Yacimientos Pleistocenos de la Sierra de Atapuerca. Es miembro de la National Academy of Sciences de los Estados Unidos, de la Real Academia de Doctores de España y vicepresidente de la Fundación Atapuerca.

Es autor de numerosos artículos, publicados en las revistas científicas más importantes del mundo; de su obra, traducida a varios idiomas, cabe destacar La especie elegida (1997), El collar del neandertal (1999), El enigma de la esfinge (2001), Los aborígenes (2002), El mundo de Atapuerca (2004) y El reloj de Mr. Darwin (2009).

El Premio Príncipe de Asturias de Investigación Científica y Técnica, concedido en 1997, es uno de los muchos galardones que Juan Luis Arsuaga ha recibido.